쌍방향 인사시스템은 공단의 인사·조직 혁신의 일환으로 추진되고 있다. 공단은 87년 출범이래 18년간 유지됐던 인사시스템을 2005년 말 대대적으로 손질했다. 공단본부에서 일방적으로 행사하던 인사권을 지역본부장과 지도원장에게 돌리고, 공단본부 실·국장과 팀장에 대한 공모제를 확대하는 등 성과를 중심으로 인사에도 경쟁요소를 도입했다.
이 인사시스템 혁신의 완결점이 '팀매칭'이라 일컬어지는 쌍방향 인사제도다. 지역본부별로 각 부서의 팀장을 먼저 선정해 놓고, 직원들에게 부서를 지원하게 한다. 직원들이 같이 일하고 싶은 팀장을 선택하는 것이다. 그러면 팀장들과 지도원장이 상의해 최종적으로 팀원을 결정하는 방식이다. 직원과 관리자 모두에게 서로를 선택할 기회를 부여하는 것이다. 이 과정에서 투명성과 공정성이 강화되고 경쟁심도 유발된다는 것이 공단의 설명이다.
반면, 노조는 쌍방향 인사시스템이 유능한 팀장들에게 직원들을 줄 세우고, 편 가르기를 통해 조직의 융합을 저지할 것이라며 내용면에서도 반대한다. 또 공단측이 인사제도 개편을 노조와 협의하지 않고 단협을 위반해 절차적으로 문제가 있다고 제기한다.