수원지검 공안부(부장검사 최태원)는 이날 오전 수원지법에 이 의원에 대한 공소장을 제출했다. 적용된 혐의는 형법상 내란음모·선동, 국가보안법상 찬양고무 등이다. 김수남 수원지검 검사장은 이날 오후 언론브리핑을 열고 "이 의원은 5월 전쟁이 임박했다는 인식 아래 국가기간시설 타격 등 폭동을 수행하기로 모의해 내란을 선동·음모했다"며 "내란음모 관련자들에 대한 수사를 철저히 진행해 법과 원칙에 따라 엄정히 처리하겠다"고 말했다.
검찰은 이 의원이 2003년 지하혁명조직 사업방향을 구상해 왔으며, 혁명조직인 아른바 아르오(RO)는 대남혁명노선을 활동목표로 설정했다고 발표했다. 녹취록이 작성된 5월12일 모임 참가자 전원을 수사대상에 올려놓고 있다는 설명도 했다. 수원지검은 지난 25일에는 홍순석 통합진보당 경기도당 부위원장 등 3명을 기소했다.
이 의원 기소에 대해 새누리당은 진상규명을 사법당국에 촉구했다. 유일호 새누리당 대변인은 "사법당국은 사안이 엄중한 만큼 신속한 진상규명으로 국민을 충격으로 몰고 간 내란음모 사건의 실체를 밝혀야 한다"며 "종북세력이 대한민국 어디에도 발붙일 곳이 없도록 노력해 주기 바란다"고 말했다.
반면 사건을 변호 중인 '국정원 내란음모정치공작 공안탄압 규탄 대책위원회 공동변호인단'은 성명을 내고 "RO에 대한 실체규명도 전혀 없고, 수사 과정에서 추가 확보된 증거도 제시하지 않은 등 검찰이 여론재판을 이용하고 있다"며 "국정원의 수사 결과를 그대로 받아들여 검찰이 국정원의 하급기관으로 전락해 버렸다"고 비난했다.
변호인단은 검찰의 공소사실에 대해서도 "기소 근거가 부실한 수사와 법리 구성에 바탕을 둔 만큼 무죄를 확신한다"고 자신했다. 김재연 통합진보당 대변인은 "위기에 쫓겨 어설픈 조작사건을 내놓은 국정원과 수구세력을 심판할 수 있도록 힘을 모아 나가겠다"고 밝혔다.