광주본부는 "징계권한도 없는 안행부가 구체적 징계수준까지 정해 공문을 보내는 것은 명백한 월권행위이자 지방자치권을 침해하는 위법행위"라고 비판했다. 광주본부는 이어 "경찰이 수사를 진행 중이고, 어떤 위법사실도 확인되지 않은 상태에서 징계를 시도하는 것은 비상식적"이라며 "해당 자치단체장들은 위법·부당한 징계를 거부해야 한다"고 요구했다.
노조에 따르면 안행부는 지난 25일 광주본부 소속 4개구(동구·서구·북구·광산구) 지부장들은 파면·해임에 해당하는 배제징계, 광주광역시공무원노조 위원장·광주광역시남구공무원노조 위원장은 중징계하라는 공문을 해당 지역자치단체에 발송했다.
안행부는 광주시 행정부시장과 안전행정국장에게는 업무관리 책임을 물어 각각 주의와 훈계 조치를 내렸다. 박동일 본부장은 "공무원노조에 대한 공안탄압"이라며 "국가정보원 정치개입에 대한 국민적 저항을 막으려는 의도"라고 주장했다.