25일 정치권에 따르면 서울중앙지검 공안2부(부장검사 이정회)는 지난 21일께 국정원 여직원 댓글 의혹 사건과 정치개입 의혹 등으로 야권과 시민·사회 단체로부터 고소·고발을 당한 원 전 원장을 출국 금지시켰다. 원 전 원장은 이 사실을 모르고 24일 해외로 출국하려다 포기한 것으로 알려졌다.
원 전 원장에 대한 수사의 핵심은 진선미 민주통합당 의원이 지난 18일 폭로한 국정원의 국내정치 개입 의혹이다. 당시 진 의원은 국정원 내부 전자게시판 '원장님 지시·강조 말씀'에 올라온 게시글을 공개하며 원 전 원장이 국내정치 현안에 개입하고 여론조작 등을 시도했다고 주장했다.
내부 게시물을 근거로 이정희 통합진보당 대표와 전교조 등은 원 전 원장을 명예훼손 혐의로 검찰에 고소했다.
원 전 원장에 대한 검찰의 신속한 출국금지 조치는 이례적인 것으로 그 배경을 두고 갖가지 해석이 제기되고 있다. 최근 언론보도에 따르면 원 전 원장은 검찰과 경찰로부터 개인비리 의혹에 대해서도 내사를 받고 있었던 것으로 확인되고 있다. 그가 이명박 대통령 재임 시절 매주 한 차례 독대하며 각종 현안을 보고하는 등 전 정권의 높은 총애를 받아온 인물이라는 점에서 신·구정권의 갈등설도 제기되고 있다.
야권은 원 전 원장이 도피성으로 보일만 한 행동을 했다는 점을 두고 구속 수사를 촉구하고 있다. 문희상 민주통합당 비상대책위원장은 "국정원의 대선 시기 댓글 공작은 민주주의를 파괴하고 국기를 문란하게 한 중대 범죄"라며 "이 사건의 최종 책임자인 원 전 원장을 구속 수사해야 한다"고 말했다. 진보정의당과 통합진보당도 각각 원 전 원장과 청와대의 개입여부를 밝힐 것과 검찰의 신속한 수사를 촉구했다.