최대 현안은 설립신고와 해직자 복직이다. 공무원노조는 지난 2002년 3월 설립됐다. 2006년 공무원노조법 제정 이후 합법노조의 길을 걸어왔다. 그런데 2009년 옛 전공노·민공노·법원노조가 통합한 뒤부터 법외노조가 돼 버렸다. 고용노동부가 설립신고서를 잇따라 반려했기 때문이다. 노조는 “이명박 정부는 국제노동기구(ILO) 등 국제기구의 권고조차 무시하며 세 차례나 설립신고를 받아들이지 않고 있다”고 비판했다.
아울러 지난 10년간 노조활동을 하다 해직된 조합원 527명 중 136명이 아직 복직하지 못했다. 같은 기간 조합원 2천944명이 징계를 받았다. 노조는 “올해 정기국회에서 해직자복직특별법이 통과돼야 한다”고 촉구했다.
이 밖에 공무원보수 현실화와 보수결정구조 개선, 공무원 대학생자녀 학자금지원, 조건 없는 근속승진 보장 및 확대는 공무원 현안으로 꼽힌다. 실제 정부가 내년도 공무원보수를 2.8% 인상하기로 결정한 것을 두고 공무원사회가 반발하고 있다.
노조는 “물가인상률·경제성장률·민간보수 접근을 고려한 합리적 임금인상과 단체교섭을 중심으로 한 보수결정구조가 정착돼야 한다”고 주장했다. 노조는 또 “대학생자녀 학자금지원으로 100만 공무원에게 가장 심각한 문제인 자녀교육비 부담을 해소해야 한다”며 “9급에서 6급까지 승진기간이 25년6개월이나 걸리는 것을 단축하고 조건 없는 근속승진을 보장해야 한다”고 밝혔다. 노조는 공무원·교사 정치표현의 자유를 보장하는 관련법률 개정도 요구했다.