노동부는 지난해 3월 공무원 단체협약 개선 추진계획을 발표했다. 2008년 12월 현재 체결된 112개 공무원 단체협약 전체를 분석해 '불합리한 사항'에 대해서는 개선을 적극 추진해가겠다고 밝힌 것이다. 당시 노동부는 △유급 노조전임자 인정 △노조활동에 대한 경비 원조 △근무시간 중 단체복 착용 등을 위법사항으로 꼽았다.
또 승진심사위원회에 노조가 추천한 위원을 지명하고, 법령·조례·규칙 제·개정시 노조와 사전에 협의하도록 하는 내용은 공무원의 노동조합 설립 및 운영 등에 관한 법률상 정책결정에 관한 사항 또는 임용권 등 기관의 관리·운영에 관한 사항으로 비교섭 사항으로 못 박았다. 이에 대해 공무원노조들은 “정부가 공무원노조법상 단체교섭조항을 매우 좁게 해석하고 있다”며 반발해 왔다. 노동부의 단협 시정명령에 대한 소송은 지금도 진행 중이다.
공무원노총은 “정부는 정정당당하게 공무원노조와 대화 테이블에서 공직사회 부정부패 척결을 위해 함께 논의하는 성숙한 모습을 보여야 한다”며 “최근 각 행정기관과 지방자치단체에 내려 보낸 공무원노사 불법관행 해소 추진계획도 스스로 폐기하고 상생의 노사관계 구축에 동참해야 한다”고 촉구했다.
한편 전남지방노동위원회는 지난해 5월 전남도지사의 부당노동행위를 인정하고 전남연맹의 교섭권을 인정했으나 중노위는 이를 각하했다. 이에 전남연맹은 소송을 제기했고 1심에 이어 2심에서도 승소했다.