박 대통령은 10일 오전 청와대에서 수석비서관회의를 주재한 자리에서 "서울시 공무원의 국가보안법 위반 혐의 사건과 관련해 증거자료에 위조 논란이 벌어지고 있는 것에 대해 매우 유감스럽게 생각한다"며 "검찰은 이번 사건을 한 점 의혹도 남기지 않도록 철저히 수사하고 국정원은 검찰수사에 적극 협조해야 할 것"이라고 말했다.
박 대통령은 또 "이 일과 관련한 실체적 진실을 조속히 정확하게 밝혀서 더 이상 국민적 의혹이 없도록 해야 할 것"이라며 "수사 결과 문제가 드러나면 반드시 바로잡을 것"이라고 덧붙였다.
국정원은 지난 9일 저녁 "세간에 물의를 야기하고 국민께 심려를 끼쳐 드린 것에 진심으로 송구스럽다"는 내용의 보도자료를 배포했다. 야권은 국정원의 일요일 늦은 밤 입장 발표와 다음날 이어진 박 대통령의 유감표명을 두고 "진정성이 느껴지지 않는다"고 비난했다.
이윤석 민주당 수석대변인은 이날 국회 기자회견을 통해 "간첩사건 증거조작은 국정원뿐만 아니라 검찰도 책임이 있기 때문에 철저한 수사가 이뤄질 수 있을지 크나큰 의구심이 있다"며 "철저한 수사와 재발방지를 위한 특단의 조치를 위해 남재준 국정원장을 먼저 해임해야 한다"고 촉구했다.
이정희 통합진보당 대표는 서울 대방동 당사에서 개최한 선거대책회의 모두발언에서 "국정원의 증거인멸행위가 집요하게 계속되고 아직도 남재준 원장이 해임되지 않은 것은 박 대통령이 국정원에 대한 감독책임을 전혀 이행하지 않았음을 보여 주는 것"이라며 "남재준 원장도 수사대상이 돼야 한다"고 말했다. 통합진보당은 이날 오후 서울 청운효자동주민센터 앞에서 국정원 규탄 기자회견을 개최하고, 저녁 같은 장소에서 남재준 원장 해임을 촉구하는 정당연설회를 열었다.
이정미 정의당 대변인은 논평에서 "범죄행위를 진두지휘한 총책임자가 멀쩡히 자리보전하고 있는 상황에서 국정원의 사과가 무슨 의미가 있느냐"며 "박 대통령이 이번 사태를 해결할 일말의 책임을 느낀다면 남 원장을 즉각 해임하라"고 촉구했다.
시민단체는 특검 도입을 요구했다. 경실련은 "특검은 국민의 인권이 또다시 권력기관에 의해 유린될 가능성을 차단하기 위한 국민적 요구"라고 강조했다.