사회보험노조는 "재정통합은 직장 재직 기간만이 아니라 평생을 동일한 혜택을 볼 수 있어 직장 가입자에게 유리하며 실업과 취업이 반복되는 등 열악한 고용구조 속에서 재정통합의 당위성이 증가하고 있다"고 주장했다. 사회보험노조는 또 재정파산이 현실화된 상황에서 재정분리 논의는 재정위기 극복에 전혀 도움이 되지 않으며 오히려 의약분업의 기본취지를 살리고 국민의 부담을 최소화하는 재정지출 구조개선에 주력해야 한다고 덧붙였다.
이에 대해 직장의보노조는 의료수가 인상과 부당청구 등 재정위기의 원인에는 공감하면서도 "지역의료보험의 경우 소득원 파악과 체납보험료 징수율이 낮아 재정적자를 가속화 시키고 있다"며 "장기적으로 지역보험과 직장보험을 분리하고 소득원 파악과 보험료 징수율이 높은 직장보험을 확대해 나갈 경우 직장보험은 흑자로 전환될 수 있다"고 주장했다.