이날 노조는 "전윤철 기획예산처 장관과 서정욱 과학기술부 장관이 예산권을 악용하고, 출연기관의 경영진들을 조정, 규제하면서 당연히 단협의 교섭상대임로써 계속 교섭 요청을 거부하는 등" 노동관계법 29조(교섭 체결권한), 30조(교섭의 원칙), 81조(부당노동행위)를 위반했다며 대전지검에 고발하겠다고 밝혔다.
이번 과기원 노조의 두 장관에 대한 고발로 지난 11월말 경 원자력병원노조가 정부의 예산삭삼으로 11월 임금을 지급 받지 못하자 "정부의 지배개입과 예산권 남용이다"며 검찰에 고발조치 한데 이어 두 번째이다.
이들은 또 "정부가 경영혁신지침을 통해 정부출연(연)에 학자금 보조비 폐지, 년·월차수당 축소, 호봉승급분 폐지 등을 추진하고 있어 연구현장 종사자들의 연구의욕상실, 연구소 황폐화, 이직 등으로 과학기술발전에 저해되는 역할을 하고 있다"고 주장했다.
이와 관련하여 노조는 "이런 상황에서 실질적인 교섭권을 갖고 있는 과기부 장관과 기획예산처 장관이 배후조정만 하지 말고 교섭에 나올 것"을 촉구했다.
한편 지난 13일 직원 358명 중 318명이 시설부문 민영화로 인건비 10억원을 절감하겠다는 연구원측의 계획에 맞서 "우리가 10억원을 마련하겠다"며 자발적으로 임금동결에 서명하고 시설민영화의 폐지를 주장해 눈길을 끌었다.