지난 16일 1차 사이버 파업 때 과기부가 서버를 꺼버렸고, 19일 진행된 2차 사이버 파업때는 기획예산처가 파업을 시작한지 30여분 지난 시점부터 조합원들이 올린 글을 모두 삭제했다.
이에 대해 노조는 과기부와 기획예산처가 "폭력적으로 사이버공간에 올린 조합원들의 의사표현을 차단한 것은 사이버 언론 통제라며, 노벨평화상 수상자인 김대중 정권이 스스로 인권을 무시하고 있다"고 꼬집었다.
노조는 "사이버 파업을 통해 정부의 과학기술정책 실패와 관련 과학기술자들의 처지와 문제점을 진솔하게 이야기하고 대안을 제시하려 했으나 이들이 '목메어 외치는 현장의 소리'를 '사이버 언론 차단이란 극약처방'으로 외면한 것은 펜 껍질에 휩싸여 탁상행정을 펴고 있었다는 증거이다"고 비판했다.
아울러 노조는 이러한 사태는 과학기술정책에 대한 무능과 무소신의 표현이라며 정부는 △과학기술정책에 대한 장기적이고 구체적인 비젼을 제시할 것 △노사 자율권을 인정하고 지배 개입을 배제할 것 △과학이 조국의 미래라는 것을 인정한다면, 정부예산 5%를 과학기술예산으로 배정한다는 대통령 공약을 이행하라고 촉구했다.