농업기반공사는 현재 1사2노조 체제로, 지난 1월3일 농어촌진흥공사와 농지개량조합 및 연합회가 통합하면서 기존의 농조노조와 농어촌진흥공사노조(위원장 이주동)가 공존하게 되었는데, 사용자측은 단체교섭창구의 단일화를 요구하며 농조노조의 교섭제의를 거부하고 있는 상황이다.
이에 반발한 농조노조는 지난 4월말 쟁의찬반투표를 실시해 84%의 찬성으로 한국노총과의 연대파업을 결의하는 등 강력한 투쟁을 전개하겠다고 밝히고 있으며, 사용자측은 22일 농조노조와의 면담에서 종전주장을 되풀이하는 등 협상이 난맥상을 보이고 있다.
한편, 이 사건은 2002년부터 시행될 복수노조인정에 수반한 교섭청구단일화의.문제와 관련해 그 귀추가 주목되고 있다.