먼저 노조활동보장부분이 최대쟁점이다. 교육부는 당분간 이 문제에 관한 논의를 유보하자는 입장을 굽히지 않고 있다. 교육부는 교원노조뿐만 아니라, 여러 교육관련 이해당사자들의 입장도 고려해야 한다는 주장이다. 특히 단체협약의 시행과 관련, 관련부처와 국회의 협력이 필요한 상황에서 학습권 침해의 논란이 있는 노조활동보장부분에 대한 논의는 시간을 두고 진행하자는 의견이다. 그러나 노조의 입장은 다르다. 교육개혁과 학습권 신장을 위해 노력해온 교원노조가 분회 활동 등을 보장받는 것은 교육개혁을 위해서 필수적인 사항이라는 주장이다.
또 다른 쟁점은 교원정책협의기구에 관한 사항으로 교육부는 단체교섭이 없는 분기에 분기별 1회 간담회 실시의 안을 내놓은 상태다. 교원노조는 구속력을 가진 협의회의 개최를 요구하고 있다. 이밖에 교원처우개선에 관한 사항들이 "-하도록 노력한다"는 식으로 추상적인 문구로 표현돼 있는 점도 타결을 지연시키는 요인이 되고 있다.
이처럼 핵심쟁점들에 대한 양측의 입장이 팽팽히 맞서고 있기는 하나, 절충을 통한 타결이 가능할 것이라는 조심스런 분석들이 나오고 있다. 한교조의 핵심요구 가운데 하나인 양호교사의 '보건활동수당신설'을 8일 교육부가 받아들인 것에서 알 수 있듯이 최근 잇달아 열리고 있는 교섭소위원회에서 이뤄지고 있는 의견조율의 수준이 예사롭지 않다는 분석이다. 또한 교원노조 공동교섭단의 한 축인 한교조 일각에서는 보건활동수당을 따낸만큼 이제는 일괄타결의 시점이 된 것 아니냐는 의견들도 제출되고 있다. 전교조의 한 관계자도 "8일 저녁의 교섭소위에서는 상당히 많은 이야기들이 오갈 것"이라며 밝혀 논의가 무르익고 있는 것 아니냐는 관측에 힘을 싣고 있다.