2007년 전체 지방세입 중 국고보조금이 차지하는 비중은 22.3%였는데 해당 수치가 지난해 34.4%까지 치솟았다. 국고보조금 중 보건복지부의 국고보조사업이 차지하는 비중이 가장 컸다. 2008년 9조9천억원에서 2015년 25조6천억원으로 2.6배 늘었다. 기초생활보장을 비롯한 5대 사회복지 국고보조사업에 대한 대응지방비는 같은 기간 8천억원에서 6조1천억원으로 7.7배나 늘었다.
류영아 입법조사관은 “국고보조사업 대응지방비 증가는 지자체가 자체사업을 축소할 수밖에 없는 상황을 유발한다”고 지적했다. 실제 2008년 지자체 일반회계 예산 중 자체사업비와 보조사업비 비율은 각각 42.3%와 36.3%였다. 그런데 2016년에는 36.0% 대 44.7%로 역전됐다. 류 조사관은 “지자체가 자체사업을 축소해야 하는 상황을 야기하고 있다”며 “국고보조사업 운영체계를 재설계할 필요가 있다”고 주문했다. 예컨대 행정자치부 장관의 국고보조사업 이력관리 책임을 강화하고, 국고보조사업이 지자체 재정에 미치는 부담을 분석하는 것을 기초로 사업을 재정비하자는 것이다. 의사결정 과정을 손보는 것도 대안으로 제시했다.
류 조사관은 “국고보조사업에 관한 의사결정 과정에 지자체가 참여해 국고보조사업비 분담체계의 적정성을 논의할 수 있는 체계를 구축해야 한다”며 “현재 운영 중인 지방재정부담심의위원회에 지자체가 직접 참여하는 방안, 국고보조사업에 대한 대응지방비 현황을 국회 예산안 심사 과정에 제출하도록 하는 방안을 검토할 수 있다”고 밝혔다.