검찰에 따르면 배 실장은 집회 당일 참가자들이 각목으로 경찰관을 폭행하거나 경찰버스를 손상하도록 선동한 혐의를 받고 있다. 검찰은 당시 시위대에게 폭행당한 경찰관이 39명이고, 경찰버스를 비롯한 공용물건 수리비가 3억2천여만원에 달한다고 주장했다.
검찰은 배 실장에게 지난해 4월 두 차례 세월호 관련 집회와 민주노총 1차 총파업, 5월 세계노동절대회, 9월 민주노총 3차 총파업, 11월 민중총궐기대회에서 참가자들과 도로를 점거한 혐의(일반교통방해)도 적용했다.
한편 검찰은 경찰이 배 실장을 송치하면서 적용한 소요죄를 혐의에서 제외했다. 형법(제115조)상 소요죄는 다중이 집합해 폭행·협박 또는 손괴 행위를 했을 때 적용된다. 검찰은 시위를 주도하고 도로를 점거한 정도의 행위만으로는 소요죄를 적용하기 어렵다고 판단했다.