방만경영의 주범이라느니, 청년일자리 창출을 막는 철밥통으로 몰린 공공기관 노동계는 반발했다. 하지만 정부는 임금피크제 도입을 미루는 공공기관의 임금을 깎고, 경영평가 때 가점을 주지 않겠다며 압박했다. 일부 기관에서는 취업규칙 변경을 위해 노조 동의 없이 개별동의서를 징구하거나 온라인투표를 강행하는 일도 벌어졌다.
그 결과 애초 정부가 정한 도입완료 목표(12월 말)보다 한 달 가량 앞당겨진 이달 초 전체 313개 기관에 임금피크제 도입이 마무리됐다. 정부가 임금을 무기 삼아 공공기관 노사가 교섭을 통해 정해야 할 임금인상률을 억지로 뜯어고친 셈이다.
전체 공공기관 임금피크제 도입 성공에 힘입은 정부는 성과주의 보수·인력체계 개편을 추진하겠다는 계획도 재확인했다. 공공기관의 유사·중복기능을 정리하고 민간의 성장을 저해하는 부분을 가려 내 핵심기능 위주로 공공기관을 재편하겠다는 방안은 '우회 민영화' 논란도 촉발시켰다. 실제 정부는 전기·가스·석유 부문 기능조정에 착수하면서 일부 공공기관 출자회사나 특정 사업분야를 민간에 매각하는 방안을 검토하고 있다.