갑작스런 변화에 노동자들은 반발했다. 김 이사장은 지난해 11월 열린 '제2 창립 선언식'에서 문제를 일으킨 직원을 단상에 올려 '자아비판'을 강요해 물의를 빚기도 했다. 노조에 따르면 인사조치로 해고나 파면을 당한 직원 12명 중 9명(75%)이 노동위원회에서 부당해고로 인정받았다. 징계를 당한 3명, 직책을 강등당한 직원 2명도 지방노동위원회에서 부당하다는 판정을 받았다. 노조는 "공단이 공공기관선진화 계획에 따른 인력감축을 조기에 달성하기 위해 여성이 대다수인 본사 기능직 50여명 중 30여명을 원거리지역에 배치했다"며 "그 과정에서 여성조합원 2명이 유산을 하기도 했다"고 전했다.
올해 2월 진행된 전보인사에서는 전체 노조간부 23명 중 19명(85.2%)이 비연고지로 발령받았다. 일반직원들은 전보대상자의 23.9%가 전보됐다. 공단은 KTX 민영화 홍보를 위한 여론조작 논란에 휩싸이기도 했다. 최근 진행된 국정감사에서는 사업비 절감을 이유로 승객안전에 꼭 필요한 시설을 없애 "안하무인 경영을 하고 있다"는 질타를 받았다. 김 이사장은 특히 월례 조회시간에 "야당의원에게 자료를 주는 직원이 있으면 솎아 내야 한다"고 말한 사실이 알려져 여야 모두로부터 비판을 받았다. 현재 국회 국토해양위원회가 김 이사장에 대한 해임건의안 제출을 검토하고 있는 것으로 전해졌다.